måndag 4 mars 2013

Lite systematik i Newtonbloggarens baraminologi

Här är ett fylogenetiskt träd (Neigbor joining) över mitokondrie-DNA från de flesta av de arter (plus några till) som omnämns i Newtonbloggaren Johannes Axelssons Evo-Lattjolajbanlåda. EDIT: Se också Thomas Schwartz alternativa träd nedan. Axelssons naiva hantering av biologiska likheter och skillnader har jag kommenterat specifikt här, och denna bloggsida utgör referensmaterialet till mina kommentarer på Newtonbloggen.

Vissa arter fanns inte tillgängliga, och har i görligaste mån ersatts av närbesläktade arter. Dessutom har jag missat någon (bland annat flodhästen) i hastigheten.

Mitokondrie-sekvenserna har hämtats på NCBI. Passningar av DNA-sekvenser och fylogenin har gjorts med MEGA 5.1 som finns att ladda ner gratis från nätet. Det här kan alltså vem som helst göra själv, med lite handledning.

Axelsson har några felaktigheter bland sina artnamn. Framför allt har han felaktigt angett ett nam på en ökenguldmullvad som troligen är Eremitalpa granti som Taupe doree.



ALLA placentala däggdjur bildar en monofyletisk grupp (där alla inom gruppen är närmast släkt med varandra) som är skild från en annan monofyletisk grupp som omfattar ALLA pungdjuren. Myrpiggsvinet (Tachyglossus aculeatus – Monotremata) bildar en egen linje skild från alla de andra. Enda brasklappen är att myrpiggsvinet här utgör en systergrupp till pungdjuren, istället för att forma en utgrupp till både pungdjur och placentala däggdjur.

Inom de placentala däggdjuren faller de grupper ut som man kan förvänta sig, även om man får ta de basala grenarnas ordning med en nypa salt:

De partåiga klövdjuren bildar en egen grupp, med antiloper etc. på ena sidan, och grisar och deras släktingar snyggt placerade på den andra. Notera att peccarys (navelsvin) mycket riktigt utgör en egen systergrupp som är skild från grisarna, vilket också är uppenbart baserat på morfologiska skillnader (bland annat tänderna). Notera inte minst att valar är klövdjur som har simmat ut i havet och tappat benen.

Rovdjuren bildar en snygg monofyletisk grupp, med hunddjuren som en egen ”baramin”? – nej tätt flankerad av björnar och hyenor. Likaså aporna, så klart, även om jag inte köper sengångaren som en systergrupp till aporna. Gnagarna hamnar också hyfsat snyggt tillsammans. Murmeldjuret och flygekorren (en europeisk variant) bildar en egen grupp, vilket är precis vad man kan förvänta sig; de är ju trots allt samma familj, dvs de är alla (placentala) ekorrar. Murmeldjuret är helt enkelt en ekorre som har släppt den långa yviga svansen och skaffat sig en viss rondör. Den ytliga likheten mellan murmeldjuren och vombaterna (pungdjur) känns med andra ord inte som något att hetsa upp sig över.

När man hittar tre ”mullvadar” utspridda i fylogenin så känns inte heller deras konvergenta evolution som något särskilt anmärkningsvärt. Titta hur de ser ut – så lika är de tamejfan inte. Som vanligt bara väldigt ytliga likheter.






 
Bilden ovan är Thomas Schwartz fylogeni med liknande urval arter, med höns som utgrupp och med bootstrap-värden som visar ungefär styrkan i de enskilda fylogenetiska arrangemangen.


Inlägg Art Trivialnamn Typ Grupp Mitokondrie
EvLLL 1 Petaurus breviceps Flygpungekorre Marsupial Ja
EvLLL 1 Glaucomys volans Mindre Nordamerikansk flygekorre Placental Sciuridae Nej
EvLLL 1 Glaucomys sabrinus Annan amerikansk flygekorre Placental Sciuridae Nej
EvLLL 1 Pteromys volans Flygekorre (Europeisk) Placental Sciuridae Ja
EvLLL 1 Orcinus orca Späckhuggare Placental Tandval Ja
EvLLL 2 Lasiorhinus latifrons Hårnosvombat Marsupial Vombatidae Nej
EvLLL 2 Vombatus ursinus Vombat Marsupial Vombatidae Ja
EvLLL 2 Marmota himalayana Murmeldjur Placental Sciuridae Ja
EvLLL 2 Sarcophilus harrisii  Pungdjävul Marsupial Dasyuridae Ja
EvLLL 3 Eremitalpa grantii Golden mole Placental Chrysocloridae Ja Taupe doree????
EvLLL 3 Talpa europea Mullvad Placental Talpidae Ja
EvLLL 3 Notoryctes typhlops Pungmullvad Marsupial Notoryctidae Ja
EvLLL 3 Alces alces Älg Placental Cervidae Ja
EvLLL 4 Thylacinus cynocephalus Pungvarg Marsupial Thylacinidae Ja
EvLLL 4 Hyaena hyaena Hyena Placental Hyaenidae Ja
EvLLL 4 Lycaon pictus Afrikansk Vildhund Placental Canidae Nej
EvLLL 4 Nyctereutes procyonoides Mårdhund Placental Canidae Ja
EvLLL 4 Canis lupus Hund, Varg Placental Canidae Ja
EvLLL 4 Vulpes vulpes Räv Placental Canidae Ja
EvLLL 4 Hippopotamus amphibius Flodhäst Placental Hippopotamidae Ja
EvLLL 5 Lemniscomys striatus Striped grass mouse Placental Muridae Nej Lemniscopys???
EvLLL 5 Rattus norvegicus Råtta Placental Muridae Ja
EvLLL 5 Hypsiprymnodon moschatus Myskkänguru Marsupial Hypsiprymnodontidae Nej
EvLLL 5 Macropus robustus Känguru Marsupial Macropodidae Ja
EvLLL 5 Heterocephalus glaber Nakenråtta Placental Bathyergidae Ja
EvLLL 5 Thryonomys swinderianus Greater cane rat Placental Thryonomyidae Ja
EvLLL 6 Hystrix cristata Piggsvin Placental Hystricidae Nej
EvLLL 6 Erinaceus europaeus Igelkott Placental Erinaceidae Ja
EvLLL 6 Tachyglossus aculeatus  Myrpiggsvin Monotremata Tachyglossidae Ja
EvLLL 6 Hylobates lar Gibon Placental Hylobatidae Ja
EvLLL 7 Pecari tajacu Navelsvin Placental Tayassuidae Ja
EvLLL 7 Sus scrofa Vildsvin Placental Suidae Ja
EvLLL 7 Phacochoerus africanus Vårtsvin Placental Suidae Ja
EvLLL 7 Potamochoerus porcus Penselsvin Placental Suidae Ja
EvLLL 8 Tapirus indicus Tapir Placental Tapiridae Nej
EvLLL 8 Babirousa celebensis Babirousa Placental Suidae Nej
EvLLL 8 Giraffa camelopardis Giraff Placental Giraffidae Ja
EvLLL 9 Antilocapra americana Pronghorn (amerikansk) Placental Antilocapridae Ja
EvLLL 9 Gazella gazella Gazell Placental Bovidae, Antilopinae Ja
EvLLL 9 Antidorcas marsupialis Springbok Placental Bovidae, Antilopinae Ja
EvLLL 9 Bison bison Bison Placental Bovidae, Bovinae Ja
EvLLL 10 Ailuropoda melanoleuca Jättepanda Placental Ursidae Ja
EvLLL 10 Colobus guereza Colobusapa Placental Cercopithecidae Ja
EvLLL 10 Bradypus tridactylus Sengångare Placental Bradypodidae Ja
EvLLL 10 Phascolarctos cinereus Koala Marsupial Phascolarctidae Ja

1 kommentar:

  1. Taupe doree är det franska namnet på Grants ökenguldmullvad.

    Sake

    SvaraRadera